在食品工业中生物表面活性剂可作为食品添加剂。卵磷脂和它的衍生物、含甘油的脂肪脂、山梨聚糖、乙烯乙二醇、甘油单酸酯的衍生物，以及近来合成的低聚肽，都在食品工业中广泛用作乳化剂。乳化剂不仅在分散中发挥作用，也对产品形成合适的粘度和质地有很大作用。

表面活性物质也应用于大麦和肉制品中，它们能影响面粉的流变特性，乳化部分破碎的脂肪组织；一种由产朊假丝酵母（Candida utilis）产生的新的生物乳化剂在色拉调味上有潜在的应用价值；Busscher等发现牛乳嗜热链球菌产生的表面活性剂可阻止产异味的嗜热链球菌增殖，因而可用于巴氏灭菌器热交换板中异味的控制；蔗糖酯可应用于冷冻饮料、七克力、糖果、糕点、面包、蛋糕等中。

生物表面活性剂符合功能性食品和绿色食品添加剂的要求，可应用在功能性食品中，在人类崇尚健康至上的今天乃至将来，必将成为一种广泛应用的食品添加剂。用生物表面活性剂修复被烃类和原油污染的土壤是一种新技术。如用绿脓假单孢菌产生的鼠李清除了阿拉斯加砂砾层的大量的油。VanDyke等发现，从污染的砂土和泥浆中，用绿脓假单孢菌产生的鼠李糖脂可使烃类的回收率分别提高25%~70%和40%~80%。相似的，用绿脓假单孢菌产生的生物表面活性剂处理砂土，可分别使脂肪旋烃类和芳香族烃类的回收率达56%和73%。 

生物表面活性剂也可乳化烃类和水的混合液，这个特性可显著增加烃类的降解，有在漏油管理的潜在应用价值。人们已从水中分离到能降解碳氢化合物的微生物：铜绿假单孢菌（Pseudomonas aeruginasa）SB30产的一种乳化剂能迅速将油分散为小滴，可在海滩除污中有所作为；Dave等近来发现，石油化学工业漏出的油对土壤的污染，能用可降解烃类的微生物来进行生物修复；Deziel等报道了绿脓假单孢菌19SJ可通过利用多环芳香族烃类产生生物表面活性剂。

生物表面活性剂也可用在污染有铀、铬和铅等毒性重金属的地点进行生物修复。生物表面活性剂还有抗生素作用和在白细胞中抑制人类免疫缺陷病毒生长的作用；红串红球菌产生的琥珀酰-海藻糖脂可抑制疱疹病毒和流行性感冒病毒。

磷脂系生物表面活性剂已广泛用做医药乳化剂，肺表面活性剂是呼吸所必须的成分，许多婴幼儿很小时因体内缺乏这种表面活性剂导致呼吸困难甚至夭折；肺蛋白无性繁殖的成功为这一表面活性剂在医疗领域的大规模生产应用提供了可能。